Con la llegada de los españoles y su asentamiento en el territorio que llamaron el Nuevo Reino de Granada, se iniciaron lo que se llamó el Repartimiento de territorio y de indios que fueron otorgados a los oficiales y soldados como reconocimiento por su trabajo en la conquista de este territorio.

Los repartimientos y más adelante las encomiendas trajeron consigo los procesos de evangelización y cristalización que consistió en instaurar nuevas creencias, devociones y rituales a los naturales de los territorios conquistados. Los pueblos de indígenas, vigilándolos y formándolos en doctrina, regulando y moldeando su compartimiento e introduciéndolos en un nuevo mundo religioso y cultural: el de los colonizadores.

Hacia 1579 se hace el primer llamado o pregón para la construcción de iglesias en los pueblos o encomiendas en la Nueva Granada. En 1580 según lo dice Velandia en la Enciclopedia Histórica de Cundinamarca el albañil Tomas Pérez Tejero hace la compra de las tejas para la iglesia. En 1582 se compra la primera junta de bueyes para el traslado de la piedra por el tesorero Real Rafael de Limpias Feijoo. En 1598 se dio vía a la construcción de la iglesia para la doctrina de Cajicá, dándole la tarea de albañil a Juan del Hoyocon el aval de Diego López y Juan de Robles, esta construcción permitió la consolidación del pueblo, sin obedecer a su fundación, ya que las fundaciones de los pueblos obedecían a permisos y se hacían a través de las Cédulas Reales.

En el año de 1604 aparecen los primeros registros sobre bautizos en la iglesia. En ese mismo año se le otorga a la Compañía de Jesús la doctrina de Cajicá. Una de las características de esa orden religiosa era de contar con varios músicos. Los más destacados fueron los sacerdotes jesuitas Juan Bautista Colluchini, Joseph Dadei y Joseph Hurtado quienes fueron designados a la doctrina de Santafé ubicada en el pueblo de indios de Cajicá. Hasta 1615 estuvo el frente de esta doctrina la Compañía de Jesús.

Cajicá fue erigida parroquia en 1760. La iglesia estuvo consagrada a San Roque. En 1919 llega como Párroco Julio Avellaneda y le cambia el nombre a la iglesia consagrándola a la inmaculada concepción, en 1925 se inicia la construcción de la iglesia actual por el padre Avellaneda. La obra dura 21 años y el 8 de diciembre de 1946 se inaugura el nuevo templo parroquial, obra terminada por los arquitectos Juan de la Cruz Guerra y Julio Atehortúa estando como párroco en Padre José del Carmen Castro.